环境科学与工程：1993年和1998年获得环境工程硕士和博士学位授予权，2000年获得博士后流动站和环境科学硕士授予权，2003年获得一级学科博士学位授予权。2017年入选一流学科建设计划名单。该学科重点在水资源保护理论与水环境修复技术，环境与生态水力学及应用，流域水污染控制和水环境质量改善，固体废弃物处置与资源化技术，污水处理及废水回用技术等方面开展基础理论与应用技术研究。目前已形成以水资源保护与水环境修复等为鲜明特色的学科发展方向，通过学科交叉，凝练出一批具有国内外重要影响和重大应用价值的高水平研究成果，环境生态学ESI排名进入0.3%，已成为在全国环境领域有重要影响的学科。
市政工程：2003年获硕士和博士学位授予权。该学科紧密围绕经济建设和社会发展中水污染控制和供水安全保障等问题，结合国家战略规划和学科发展方向，在饮用水安全保障理论与技术、城镇水系统优化理论与技术、污水处理及资源化利用理论与技术、城市与工业节水理论与技术等方面开展基础理论与应用技术研究。本学科的特色在于以城乡水系统良性循环为核心，围绕水的社会循环中供排水领域的关键科学问题和技术难题，并进行多学科高新技术交叉与联合攻关。通过学科交叉，在城镇饮用水安全保障理论与技术、污水处理及资源化利用理论与技术等方面产出了一批具有国内重要影响和应用价值的高水平研究成果，已成为在全国市政工程领域有重要影响的学科。
