学院现有5个本科专业、4个硕士学位授予权、1个一级学科博士学位授予权、4个二级学科博士学位授予权，设有环境科学与工程一级学科博士后流动站。

2001年以来，环境科学与工程学科被批准为江苏省重点建设学科、“211工程”重点建设学科和国家优势学科平台重点建设学科。2007年环境工程学科被评为国家重点（培育）学科，一级学科入选江苏省重点学科并被列为国家重点一级学科培育点，在2008年全国学科评估中排名第七；2010年环境科学与工程学科入选江苏高校优势学科建设工程，2014年以考核结果为“A”的优异成绩高质量通过验收，并顺利入选二期建设项目。2016年河海大学“环境/生态学”学科排名进入ESI前1%。2017年，学院环境科学与工程一级学科入选首批国家“双一流”学科建设序列。环境科学与工程一级学科在第四轮学科评估中评估为A类。